En limite des Corbières et de la Salanque, la commune d'Espira-de-l'Agly s'étire sur 2677 ha. Le territoire est dominé au nord par le mont Espira à 458 m d'altitude. En contrebas le massif forestier de Montpins abrite une superbe forêt de pins, lieu de promenade, mais aussi un conservatoire de la flore et la faune locale, qui chaque été se retrouve sous la menace des incendies. Le territoire évolue ensuite sous forme de terrasses avant de rejoindre la plaine. La rivière Agly traverse d'ouest en est la commune dans sa partie sud.
Le village d’Espira-de-l'Agly quant à lui s'étire sur la rive gauche du fleuve à l'extrémité sud de son territoire.

Les terres d'Espira furent occupées dès les temps préhistoriques. Non loin du sommet du Mont Espira, à la conjonction des communes de Cases de Pena, Espirà de l'Aglí, Talteüll et Vingrau se dresse une pierre dressée de 2 m de haut, la Pedra Dreta de l'Aglí, mais difficile de dire la période où elle a été érigée. 
Plus bas dans la vallée des fouilles réalisées sur la rive droite de l'Agly, à proximité du mas Mirs, ont mis en évidence la présence de vestiges de l'époque romaine.

Le toponyme d'Espirà serait issu de cette période. Il correspondrait au nom d'un colon romain "Aspiranum", qui serait venu s'installer sur le territoire pour y passer ses vieux jours. 

La première référence d'Espirà apparaîtra en 1075, où il sera fait mention de son église Sainte-Marie ~ Santa Maria d'Aspirani. En 1086, on trouvera la trace "d"Aspirano " et de son église, qui fut une possession de l'abbaye Saint-Michel-de-Cuxa puis de l'abbaye Sainte-Marie d'Arles-sur-Tech jusqu'en 1134 date à laquelle elle sera échangée à l'évêque d'Elne contre l'église Saint-Vincent de Ria.

À partir de 1136, l'évêque d'Elne fera de l'église d'Espira un prieuré, composé d'une collégiale de moines augustiniens. 
En 1169, le prieuré qui accueillait jusqu'alors une communauté exclusivement masculine ouvrit ses portes à une communauté féminine, qui cohabitèrent dans des bâtiments distincts. À la fin du 12e siècle, le prieuré s'enrichissant, l'église Sainte-Marie fut agrandie et fortifiée et passa sous la protection d'Alfonso I de Catalogne.

En 1381, le délabrement des bâtiments, les conflits, et la proximité avec le Royaume de France, pousseront les chanoines à quitter le prieuré d'Espirà pour aller rejoindre la collégiale des chanoines de l'ancienne abbaye de la Réal à Perpignan. 
En 1389, dans la charte de poblacio d'Espirà de l'Aglí , il fut prévu que les habitants devraient contribuer à renforcer le crénelage, les fossés et entretenir la fortification.

La sécularisation de l'abbaye de la Réal en 1592 provoqua la fin du prieuré, qui devint une collégiale puis fut uni à l'évêché d'Elna en 1691..

Plus tard au 19e siècle, l’évêque d’Elne vendra une bonne partie de la collégiale à un particulier Mr Ferrer qui dans ses dernières volontés en fera un couvent cistercien sous la direction de ses deux nièces.

En 1852, huit religieuses de Vaise, près de Lyon, viendront s’établir à Espira-de-l’Agly et le couvent sera dédié à Notre-Dame-des-Anges.
Vaste monument, il fut béni et érigé en prieuré  le 13 novembre 1860, par Mgr Philippe Gerbert, évêque de Perpignan.

À la veille du vote de la loi Combes du 7 juillet 1904, relative à la suppression de l'enseignement congréganiste, la communauté comptait une centaine de religieuses. Dans le journal officiel du 10 juillet 1904, paru l'ordre de fermeture de l’établissement des cisterciennes d’Espira-de-l’Agly quelques mois plus tard.
Le 4 octobre 1904, le maire fera expulser les religieuses restées dans leur couvent avec l'aide des gendarmes qui les feront sortir de force du bâtiment. 
Délaissé, le couvent sera reconverti en dépôt de prisonniers allemands durant la première guerre mondiale puis transformé en 1922 en collège privé dirigé par les Frères Maristes et toujours en activité.

Sa voisine l'église Sainte-Marie dédiée à la Vierge,  est à nef unique. Son abside est formée de deux absides jumelles semi-circulaires. Sa façade sud est agrémentée d'un portail de marbre blanc de style roman tardif, dont les chapiteaux sont ornés  de feuilles d'acanthe. 
Autrefois cernée par un chemin de ronde, l'église Sainte-Marie est dominée par son clocher-tour constitué de blocs de calcaire gris et blanc, à l'exception du dernier étage de construction plus récente. Véritable donjon, il abrite un carillon composé de 8 cloches disposées dans les baies au sommet du clocher.
Un plus petit portail sur le mur sud permettait l'accès à un cloître, qui semble avoir été détruit en 1406 et dont quelques éléments sont exposés au musée de Tolédo (Ohio - U.S.A.). 
Son mobilier est constitué de nombreux retables et statues ainsi que de plusieurs plaques funéraires, dont celle de Bernarde de Villalonga.
Elle est classée aux Monuments Historiques depuis 1886.

Le village se développera autour de cette église formant non pas une cellera comme dans beaucoup d'autres villages, mais une "sacraria", de part la protection qu'offrait l'espace sacré de "trente pas" autour de Sainte-Marie.
La commune qui comptait en 1424 une cinquantaine d'habitants ne cessera de se développer. En 1876, la population d'Espira atteindra les 1500 administrés. Le développement de la commune se fera autour de ses cultures maraîchères, fruitières et viticoles, mais aussi autour de l'exploitation des deux carrières situées sur son territoire.

En 1921, naîtra à Espirà, Joan Cayrol i Obiols "l’Amic Vicenç" poète, parolier, narrateur incomparable, qui s'inspira des usages, traditions et histoires du pays catalan pour écrire ses poèmes et monologues. Il participera et sera récompensé par de nombreux pris aux Jeux Floraux du Genêt d’Or. Parolier, il écrivit de nombreux textes de chansons, dont plus de 25 pour Jordi Barre qu'il rencontra au Fanal de Sant Vicenç. Il décéda en 1981.

De nos jours la commune d’Espira-de-l’Agly est un des villages étapes du Train touristique du Pays Cathare et du Fenouillèdes, le train rouge.
Tout un programme autour de la forêt de Montpins, visite de l'église Sainte-Marie, visite des caves du territoire et un petit détour  pour découvrir les vestiges du vieux pont roman à l'ouest du village en bordure de l'Agly près du mas Mirs.