L'abbaye bénédictine de Saint-Génis-des-Fontaines fut construite en 780 par le souhait de l'abbé Sentimirus. Sa présence est notifiée dans un précepte royal de 819 signé par Louis le Pieux. 
Détruite au 9e siècle lors des incursions normandes vers 858-859, elle sera reconstruite  et placée sous la protection des comtes du Roussillon et par la suite des rois d'Aragon.
En 1153, elle sera à nouveau consacrée. L'édifice au plan de croix latine sera orné de voûtes au courant du 12e siècle. 

À l'intérieur on peut découvrir un retable du maître-autel (1640) représentant des scènes de la Vie de Saint-Génis, ainsi qu'une peinture à l'huile "Notre Dame de Montserrat" (1644), tous deux classés au titre objet.

Sur sa façade sera apposé au-dessus de son portail le "Linteau". Œuvre majeure romane, elle est la première sculpture romane "datée" (1019-1020) dans la pierre. Sculptée dans un marbre blanc de Céret, elle aurait été commanditée par l'abbé Guillaume. Une inscription en latin médiéval précise "La vingt-quatrième année du règne du roi Robert, Guilhem, abbé par la grâce de Dieu, ordonna de faire cette œuvre en l'honneur de Saint-Génis au monastère que l'on appelle des Fontaines".
Dans un premier temps support d'autel, ce "Linteau"  est orné en son centre d'une représentation du Christ en majesté. Il est classé au titre des Monuments Historiques depuis 1966.

Un peu plus tard, au 13e siècle, un cloître en marbre sera ajouté au nord-est de l'église abbatiale. Daté de 1271-1283 sous l'abbé Michel, il a de particulier la polychromie de ses marbres : le blanc de Céret, le rose de Villefranche-de-Conflent et le noir de Baixas.

 L'époque évolue, comme pour bon nombre de monastères, le déclin survient. Pour éviter la ruine, les bâtiments seront rattachés en 1507 à l'abbaye de Montserrat en Catalogne Sud et le resteront malgré la signature du Traité des Pyrénées en 1659. 

La Révolution Française éclatant, les moines sont chassés et les bâtiments deviennent propriétés de la Nation. Répartis entre plusieurs propriétaires, ils deviennent tout à tour  remises, hangars....
En 1846, l'église abbatiale est rendue au culte et  devient "église paroissiale" du village.

Au début du 20e siècle, afin de pouvoir y accueillir un chai et permettre le passage de barriques et foudres, l’architecture du cloître sera modifiée, "bétonnée" afin de s'adapter à ses nouvelles fonctions. 

En 1924 arrive le pillage. 
Une grande partie du cloître sera vendu par les différents propriétaires à un antiquaire, Paul Gouvert. Seul le propriétaire de l'angle sud-est du cloître, Mr Alfredd Joud refusera les propositions de l'antiquaire, ce qui permettra de sauver une partie de l'architecture et la voir être alors classée monument historique le  17 juillet 1924 afin de la protéger. 

L'antiquaire parisien spécialisé dans le commerce de sculptures et de cloîtres  revendit alors des pièces d'architecture remplacées par des piles de briques et des fers  et constituant  deux petits cloîtres dits de "Saint-Génis". L'un fut installé dans le parc du château des Mesnuls (Yvelines) et l'autre exposé au Philadelphia Muséum of Art (U.S.A., Pennsylvanie). Il offrit de plus, deux arcades au Musée du Louvre. 

À partir de 1980, l'ASVAC (Association pour la Sauvegarde des Valeurs Archéologiques et Culturelles de Saint-Genis-des-Fontaines) aidée du Ministère de la Culture, du Conseil Régional, du Conseil Général et de la municipalité de Saint-Genis, mettra tout en œuvre durant de longues années afin de récupérer les éléments d'origine du cloître et permettre une  restauration s'aidant de clichés anciens qui s'achèvera en 1994.

Le cloître bénéficiera d'un deuxième classement au titre des monuments historiques le 5 mai 1975.

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