Situé sur la commune de Villelongue-dels-Monts au pied des contreforts du massif des Albères, en 1083 apparaît au sud-est du village de Vilallonga dels Monts, le prieuré bénédictin de Vilar, "Sancta Marie de Vilari". 

Une communauté de chanoines augustiniens achète un lieu-dit appelé Vilari constitué d'une enceinte fortifiée du 8e siècle, doté d'une église à l'intérieur. 

Elle sera consacrée le 16 juillet 1142 par l'évêque d'Elne Udalgar Ier de Castelnou. 
Le prieuré sera le siège de la communauté augustinienne jusqu'à la Révolution Française ou les revenus du monastère seront supprimés. L'édifice et toute la montagne du Vilar seront vendus le 30 juillet 1802, par le dernier prieur, Pierre Barraca, au sieur Armet de La Jonquera.
Au cours des siècles qui suivront, le prieuré subira diverses occupations et incendies. L'endroit finira par être abandonné. Au 19e siècle, il sera transformé en étable, et une ferme sera construite du côté nord, profitant des vestiges des dépendances monastiques.

En 1955, les fresques de l'église sont classées au titre des monuments historiques. Trente ans plus tard devant l'étendue de la désolation des lieux, c'est l'ensemble du site, la chapelle, les fresques romanes, ruines mitoyennes de la chapelle du bâtiment des chanoines , vestiges de l'enceinte qui seront inscrits au titre des monuments historiques par arrêté du 14 novembre 1983.
Racheté en 1993 par Mme Triadou, le prieuré fera l'objet d'une campagne de restauration, avec l'appui de bénévoles, ainsi que de fouilles archéologiques. 

Lors de ces fouilles en 1998 des vestiges de l'époque romaine sont apparus et notamment un nympheum, bassin recevant une source considérée à l'origine comme sacrée où les Romains venaient y prendre les eaux.

L'édifice à nef unique est orienté vers l'est, construit en forme de croix latine, avec transept apparent et deux absidioles. La nef est couverte d'une voûte en berceau brisé. 
À l'intérieur, le chevet présente d'importants restes de fresques du 11e et 12e siècle. 
Le portail roman de l’église en marbre blanc cérétan, vendu en 1924 à un antiquaire parisien, fut racheté et restauré à sa place d’origine.

À l'extérieur sur le pignon du transept Nord de l'église apparaît une croix peinte en rouge qui aurait servi de repère aux pèlerins de Saint-Jacques-de-Compostelle. 
Juste au-dessus est découvert un paratonnerre antique. Une pièce de fer enchâssée dans une poterie attirait la foudre. Au coup de foudre, le fer bondissait de sa loge et faisait office de « fusible ». 

Toujours à l'extérieur, des arches murées attirent l'attention. La perfection de leurs arrondis laisse apparaître l'ancien cloître promenoir des chanoines augustins.

Depuis 2005, le prieuré Sainte-Marie du Vilar abrite une communauté monacale orthodoxe roumaine qui accompagne les visiteurs dans une visite guidée. 
Un musée est ouvert dans le cloître autour des objets découverts sur le site lors des travaux tels que des objets archéologiques et religieux, des tessons de poteries, des verreries aux couleurs rares, des pièces de monnaie, flèches en silex du néolithique final...

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Chaque été se tient en juillet et août, le Festival du Vilar (lyrique, médiéval) où grâce à "une acoustique inégalable" de nombreux concerts se succèdent.