Situé non loin de Prats-de-Mollo, dans le haut Vallespir, sur le flanc sud du massif du Canigó, à 1 320 m d'altitude, il fut construit au 11e siècle.
Surplombant d'une cinquantaine de mètres le lit du torrent de la Coumelade, il se compose comme souvent d'une chapelle, pièce maîtresse du lieu, et de bâtiments servant de lieux de vie. 

Les pèlerins en route pour St Jacques de Compostelle, avaient besoin d'un lieu pour dormir. Un certain Guillem bâtit une chapelle dédiée à Sainte-Marie-Madeleine, dans laquelle il accueillait bénévolement les voyageurs. Au fil des années, cette chapelle fut connue pour être "la chapelle de Sant Guillem" bien que le cher homme n'ait jamais était canonisé.
La chapelle, dédiée initialement à Sainte Marie-Madeleine, est mentionnée sous le double patronage de Marie-Madeleine et de Guillem au 14e siècle. Son plan s'apparente aux églises préromanes.

En 2003, un plat à quêter en laiton repoussé, un calice et la cloche rare de par sa technique de fabrication en fer forgé, sont classés au titre des monuments historiques à titre objet. Une légende attribue la fabrication de cette cloche à l'ermite Guillem, qui l'aurait forgée à mains nues au 6e siècle ou 7e siècle.
La chapelle dans sa totalité est classée monument historique par arrêté du 7 décembre 2009. 
Deux manuscrits médiévaux destinés aux prêtres officiants dans cette église sont également parvenus jusqu'au 21e siècle.
Le premier manuscrit, du 11e siècle, se trouve actuellement à la Bibliothèque Nationale de France. Le second, avec enluminures, appelé « missel d'Arles », est daté du 12e siècle et fait partie du fonds de la Médiathèque de Perpignan.

Un propriétaire du hameau de La Llau, M. Sors, désireux de préserver la chapelle, la rachète en 1793 à un paysan pour le prix de deux bœufs de labour. Le nouveau propriétaire entreprend des travaux de rénovation, notamment de la maison de l'ermite, qui deviendra plus tard résidence d'été de la famille. La chapelle sera restaurée en 1982. Au 21e siècle, la chapelle appartient toujours aux descendants de M. Sors, qui en ont protégé les objets. 

En juillet 2012 est créée l'Association de sauvegarde de Saint Guillem de Combret. Jusqu'en 2016, la toiture, la porte, le clocheton et le cadran solaire sont restaurés. En 2017, une campagne fut lancée pour la restauration du retable daté de 1659.

Bien que l'église ne soit pas paroissiale, des aplecs y ont lieu deux fois par an, le 28 mai pour la Saint-Guillem et le 22 juillet pour la Sainte-Marie-Madeleine. 

Son site est traversé par plusieurs sentiers de randonnée et propose un refuge. 
A proximité, l’arboretum de l’Office National des Forêts (ONF) qui s’étend sur une surface de 8 hectares, fut planté il y a plus d’une cinquantaine d’années. Il avait pour but d’étudier les espèces qui s’acclimataient le mieux au climat pour repeupler le massif après l’aiguat de 1940.